Lo spazio interno è chiaramente articolato in tre parti: l'atrio, il corpo principale e il presbiterio.
L'atrio mostra una pianta ellittica, circondata da pilastri ionici, con un soffitto piano. Al di sopra si trova la cantoria (coro dei monaci) e il sovralzo dell'organo con una volta a botte. L'atrio e il coro vengono illuminati dalle finestre della facciata.
Il corpo principale (ambiente maggiore) è lungo 19,5 m e largo 14,5 m e mostra anch'esso una pianta ellittica. L'ampia cupola, alta 20 m, ha un soffitto piano. Otto colonne di marmo di Weltenburg sostengono la costruzione della cupola con l'apertura della sommità e dodici finestre nella parete esterna della cupola. Nella circonferenza ovale dell'ambiente maggiore sono inserite a destra e a sinistra due nicchie piatte alte 11,10 m. Contribuiscono a movimentare il perimetro anche quattro altari a nicchia ad esse alternati. Questa particolare pianta ed alzata (progettazione della cupola) si trova, secondo Bernhard Kerner, sotto l'influsso della chiesa di S. Andrea al Quirinale del Bernini e dei progetti da lui pubblicati da Andrea Pozzo come premessa per Weltenburg? ("Architectura" Monaco 1972, pag. 34 e segg.).

Il presbiterio si presenta rettangolare con un'abside semicircolare. L'ambiente si conclude verso l'alto con una volta a botte. Le pareti nord e sud sono interrotte da un oratorio poggiante su due colonne con un balcone sporgente. Questo ambiente viene splendidamente illuminato in modo particolare dal sole mattutino attraverso tre finestre posteriori .