Das Innere ist klar in drei Räume aufgegliedert: die Vorhalle, den Hauptraum und das Presbyterium.

Die Vorhalle weist als Grundriß eine Ellipse auf. Sie ist durch ionische Pilaster gegliedert. Ihre Decke ist flach. Darüber liegt der Psallierchor der Mönche und die Orgelempore mit einem Tonnengewölbe. Vorhalle und Psallierchor werden durch Fassadenfenster ausgelichtet.

Der Hauptraum ist 19,5 m lang und 14,5 m bereit und stellt im Grundriß ebenfalls eine Ellipse dar. Über einer offenen Kuppel in 20 m Höhe ist er flach abgedeckt. Acht Säulen aus Weltenburger Marmor tragen die eingehängte, vorgewölbte Kuppelkonstruktion mit ihrem Scheitelausschnitt und zwölf Fenstern an der Außenwand der Kuppel. An das Oval des Hauptraumes sind rechts und links zwei 11,10 m hoche Flachnischen angesetzt. Eine weitere Aufgliederung bedeuten die vier übereck gestellten Altarnischen. Dieser bedeutende Grund- und Aufriß (Kuppelkonstruktion) steht nach Bernhard Kerber unter dem Einfluß von Berninis S. Andrea al Quirinale in Rom und den von ihm veröffentlichten Plänen von Andrea Pozzo als Vorstufe für Weltenburg.

Das Presbyterium ist ein Rechteck mit angeschlossener halbrunder Apsis. Der Raum wird nach oben abgeschlossen durch ein Tonne- bzw. Lattengewölbe. Nord- und Südwand sind durch ein auf zwei Säulen ruhendes Oratorium mit vorkragendem Balkon unterbrochen. Durch drei rückwärts angebrachte Fenster wird dieser Raum besonders von der Morgensonne herrlich verklärt.